整体背景：方舟计划
本游戏故事发生在人类灭亡很久之后，一个装载着15个人类基因的探测机已经抵达了一颗适合人类居住的星球，并成功的改建了这个行星，让其变得适合人类居住。基于15名人类基因而创造的新人类被置于名叫生育荚舱的培养皿中，为了学习人类社会的文化而被放进5个不同时代的虚拟世界，开始做着各种梦。为了多样性和丰富不同的文化，5个不同的虚拟世界设定在了5个不同的时代，这些虚拟世界被称为扇区。15人分别根据自己的选择住在了5个不同的扇区。扇区选择如下：
扇区1（2089-2105）：和泉十郎（鞍部十郎），森村千寻（冬阪五百里），冲野司
扇区2（2049-2065）：关之原瑛，乡登莲也，东云凉子
扇区3（2009-2025）：井田铁也（网口愁），如月兔美，药师寺惠
扇区4（1969-1985）：南奈精乃，绪方惗二，鹰宫由贵
扇区5（1929-1945）：比治山隆俊，三浦庆太郎，鞍部玉绪
这个做梦的阶段将持续16年，从这些人出生到16岁为止，他们都会在这个生育荚舱里渡过，对自己所处的真实环境一无所知。而这个人类重生计划，被叫做方舟计划。整个过程是由探测机内名为万物中枢的电脑控制完成的。这个计划的建立是在2188年宇宙殖民站中，而15人，也全都是方舟计划的相关人物。其中领导者为森村千寻（2188）。
扇区有一个重置的设置，在扇区虚拟世界被严重的破坏时候，万物中枢会进行重置，把扇区时间恢复到各自的开始时间。这个计划本来并没有戴莫斯怪兽（D怪兽）部分，但是为了方便开拓重建，抱着玩心，当时负责搭建扇区环境的冲野司（2188）把这个程序加到了扇区之中。但是目睹了同伴内讧，和井田背叛，东云凉子（2188）对人类感到了绝望，移用了怪兽开拓程序，把怪兽用于攻击所有扇区。每一次在方舟计划进行到尾声的时候，扇区内部虚拟世界都会因为被怪兽攻击而毁灭，万物中枢开始了无限的重置，每一次重置被称为一个周期（与游戏内术语相对应）。这就是故事的背景。而2188年所有人物几乎都是故事背景，和游戏主线无关，当然有例外。
穿越周期的人们
目前来看，每一轮周期内，15位幸存者一开始出现的扇区都是固定的，而被侵略的顺序也是固定的。即为扇区1->扇区2->扇区3->扇区5->扇区4。在游戏开始之前，已经经历过无数周期，但是和游戏相关的只有3个周期，分别是二周期前，一周期前和当前的游戏周期。因为游戏中，要把自己的数据传送到万物中枢所在的扇区0中，就可以直接在下一次重置中保留自己的肉体和记忆，进入新的一轮周期的扇区中。一共有3人完整的穿越了不同的周期，还有4人在穿越周期的时候肉体受损，无法完整的穿越周期，只在扇区0中保留了记忆数据。最早的穿越者来自二周期前。
三名完整穿越周期的人如下，这些穿越者不再被认为是15人之一，失去了启动机兵和召来D怪兽的能力：
和泉十郎（二周期前），即426、柴久太和小尾巴。他在二周期前和一周期前都成功的将自己的数据上传到了扇区0，是唯一一个拥有2个周期记忆，并进入到游戏周期的人。和泉十郎理解了整个系统的真相，为了能够恢复这个崩掉的系统，安排了这个机兵对抗怪兽的游戏。
森村千寻（二周期前），森村千寻在二周期前和和泉十郎一起将数据传送到了扇区0（这个操作是冲野司（二周期前）牺牲自己完成的），保有了二周期前的记忆。但在一周期前的最终防线上，为了送走井田铁也，最终自己没能将数据上传扇区0，失去了一周期记忆。但是，因为她在二周期前已经完成了扇区0的数据上传，在游戏周期一开始，她依然出现在了传送目的地堇桥，但她失去了一周期前的所有记忆，以为自己没有经历过一周期前。当然，这个误会很快由随后出现井田铁也（一周期前）给解开。所以在进入游戏周期之后，森村千寻是有着二周期前记忆，但是没有一周期前记忆的人。森村千寻理解了整个系统的大部分真相，为了想要阻止怪兽破坏城市，想要切断和万物终端的联系，这样可以让15个幸存者活下去，但是所有人造AI，即除了他们之外的所有人类消失。
井田铁也（一周期前）：在一周期前最终防线和森村千寻一起为如月兔美（一周期前），三浦庆太郎（一周期前），鞍部玉绪（一周期前），以及比治山隆俊（一周期前）断后，在防线崩坏之后，被森村千寻用98式战车完成了数据上传，从而完整的进入了游戏周期。在游戏周期，井田铁也拥有一周期前的记忆，但是由于自己的目的只是复活兔美，在这一周期已经不可能达成，所以实际上想要破坏对怪兽的防御行为，重置此游戏周期。
不完整传送的四人，这些人依然可以启动机兵：
一周期最后，如月兔美（一周期前），三浦庆太郎（一周期前），鞍部玉绪（一周期前），比治山隆俊（一周期前）在森村和井田断后的情况下，前往了传送门，试图上传数据到扇区0，得以进入下一个周期，但其间遭遇了爆炸，四人都只有记忆上传了扇区0，而肉体都消失了。
这四个人在游戏周期的扇区1被井田铁也恢复，并制作成了AI放进了16号（如月），17号（三浦），18号（玉绪），19号（比治山）机兵中。其中南线的BJ即为17号，而虚拟偶像因幡深雪即为16号，18号玉绪也多次出现在剧情中，和森村井田一起行动。19号比治山在扇区2强制传送事件中彻底消灭。
二周期前的事件
处在不同扇区的15人无法理解世界的本来构造和真相，只能在各自的扇区独自面对怪兽的来袭，并毁灭。在科技最发达的扇区1（2104年），尽管这是怪兽最早袭击的扇区，但是由于科技先进，却撑到了扇区强制重置的最后一刻。在扇区1的3名15人，和泉十郎（二周期前）、森村千寻（二周期前）和冲野司（二周期前）成功的找到了地下UFO即为传送门和万物终端所在地。在最后扇区强行重置，即地壳变化的时候，冲野司牺牲了自己传送了和泉十郎和森村千寻的数据到扇区0，但是当时他们三人都认为只是时间机器，以为是传送到了16年前。就这样，和泉十郎（二周期前）和森村千寻（二周期前）带着对世界毁灭的危机感，进入了新的一周期前，开始了这个幸存者自救过程。
一周期前的事件
1. 和泉十郎（二周期前）和森村千寻（二周期前）以为是宇宙计划招来了D怪兽，开始在扇区1进行破坏宇宙计划的活动，和泉十郎（二周期前）被捕，并被打上了囚犯426的标记。
2. 426和森村千寻（二周期前）在怪物袭击开始之后，开始聚集起幸存者。实际上可以幸存的全都在15人中，最终他们成功的从5个扇区里，把15人中的大部分聚集到了一起。
3. 426发现是15人体内的纳米机械招来了怪兽，开始屠杀这些幸存者。这一过程中，他杀死了一周期前的和泉十郎（一周期前），森村千寻（一周期前），药师寺惠（一周期前），关之原瑛（一周期前），东云凉子（一周期前），冲野司（一周期前），同时打伤了井田铁也。这一事件之后，井田铁也对426一直抱着极深的憎恨。
4. 在最终防线上，如月兔美（一周期前），三浦庆太郎（一周期前），鞍部玉绪（一周期前），比治山隆俊（一周期前）试图前往传送门，上传数据到扇区0，然后遭遇了爆炸，只有部分数据得以上传。
5. 在最终防线上，森村千寻（二周期前）和井田铁也为了前往传送门的四人断后，最终，森村千寻（二周期前）把井田铁也送到本游戏周期。
6. 426也成功的完成了扇区0的数据上传，进入了游戏周期。
游戏周期中的事件
来到新一周期的森村和井田开始合作，为即将到来的怪兽战争作者准备。他们分别将这一周期婴儿时期的自己移到了最终战的所在的扇区4，给了他们新的身份，分别是冬阪五百里和网口愁。森村在此之上还制造了一个自己的克隆人——小千寻——藏在了扇区5，必要的时候，将自己的记忆上传克隆人。而井田在扇区4给自己准备了一个特务长官的身份。然后在科技最发达的扇区1，他们召集了还是这一周期内的和泉十郎和冲野司，以及来自扇区2的乡登莲也，在98式战车的基础上设计对抗怪兽用的机兵，并由冲野司最终完成了机兵。
其中森村在注意力全部集中在了机兵上，同时在发现426活动之后，将其击杀。而井田致力于使用机械身体恢复他的恋人如月兔美（一周期前），并想把如月兔美（一周期前）的记忆植入游戏周期的如月兔美，遭到了如月兔美（一周期前）本人的严重反对。作为副产品，他成功将部分穿越的四人制作成了可以装载在机兵上的AI。井田本人也在这个过程中，下了决定：在新的一周期，在如月兔美（一周期前）一无所知的情况下，重新把她塞到自己的肉体内。于是他决定放弃这一周期，并开始对机兵计划进行破坏。人物立绘也变成黑发眼镜男。
426在肉体被杀之后，变成了可以附着在各种机械人和皮下纳米机械只有意识的存在，他在扇区1里，成功的夺去了属于如月兔美（一周期前）机械人，逃离了森村和井田控制的区域。但已经不是15人之一的他无法离开扇区1。
扇区1很快被放弃，森村和井田将防线转移到了扇区2，并在扇区2最终准备好了8台机兵对抗怪物入侵。分别是4个人类驾驶员：冲野司12号机，和泉十郎13号机，东云凉子14号机，关之原瑛15号机，和4台AI驾驶员：如月兔美（一周期前）16号机，三浦庆太郎（一周期前）17号机，鞍部玉绪（一周期前）18号机，比治山隆俊（一周期前）19号机。三个指挥分别是井田铁也，森村千寻和乡登莲也。
战局一开始进行的很顺利，直到后来井田在机兵中释放了DD426病毒。因为井田深恨426，所以将这个病毒命名为DD426，甩锅426，本身和426一点关系都没有。由于这个病毒的缘故，机兵被污染，驾驶员开始逐步记忆丧失，扇区2战线崩坏，森村千寻为了保护驾驶员和机兵，让机兵在战场上进行了强制传送。他们被传送到了不同的年代。而被DD426病毒污染的4名驾驶员，冲野司，和泉十郎，东云凉子和关之原瑛最终都失去了自己的记忆。
12号和19号被传送到了扇区5，比治山AI毁灭，冲野司对抗记忆丧失，给自己制造了虚拟人格，同时开始不信任任何人，脱离了森村、井田和乡登的队伍开始自己单干。
13号被传送到了扇区3，在扇区3遭到入侵之后，和泉十郎依然在记忆受损的情况下坚持使用13号机兵作战，并最终彻底精神崩坏，成了废人。
14号机兵被传送到了扇区4，东云凉子记忆严重受损，但被在这里建立了特务机构的井田救下。
15号被传送到了扇区1，关之原瑛遭遇了出逃的426，并带着426来到了扇区4。
16号，17号被传送到了人造卫星，两台AI均开始自救，16号通过电视求助于网口愁，而17号作为BJ开始跟着南奈津乃寻找自己的机兵。
18号不明疑似损坏，但鞍部玉绪（一周期前）的AI和森村等人成功在扇区4汇合，并依然在继续活动。
游戏周期中诸人的目的
扇区2强制传送事件是游戏开始之前影响最为重大的事件，所有经历过事件的人物从一个整体团结的组织开始变得各自为战。在和泉十郎在扇区3战败并精神崩坏之后，扇区1,2,3均宣告失守，所有重要人物包括已经成为废人的和泉十郎都转移到了最终战的扇区4，即游戏舞台1985年。此时他们的目的与行动如下。
井田铁也，由于他本人就是事故的制造者，所以他并没有改变自己的目的，依然以破坏机兵计划，进入下一个周期为目的。他开始控制特务机关，把所有机兵相关的情报和人员控制在自己手下。
森村千寻，一开始她还在试图恢复机兵计划，为此她开始记忆移植，其中包括森村千寻（二周目前）到冬阪五百里，森村千寻（二周目前）到小千寻，井田铁也（一周目前）到网口愁，
，和泉十郎（二周目前）到和泉十郎，鞍部玉绪（一周目前）到鞍部玉绪。在这个过程中，她给已经彻底精神崩坏的和泉十郎制造了一个新的人格，鞍部十郎。唯一成功的只有她将记忆移植到小千寻的身上（但其实被森村千寻（2188年）盗用），其他的都最终放弃。在这之后，她开始准备消极的神盾计划，这样可以阻止机兵破坏城市，但会消灭城里除了15人之外的所有人口。乡登莲也和18号鞍部玉绪（一周期前），都是森村千寻的支持者。
关之原瑛开始寻找进入扇区0的方法，认为这一周期已经无法获胜，并和井田开始合作。
冲野司开始寻找15人给D怪兽发信的那个人，并试图抹消发信器或者杀死那个人。
16号和17号均是为了重新加入战局，开始联络15人进行机兵搜索登录行动。
426，在被关之原代理扇区1之后，开始重新活动。他计划给15人中的每一个人打上召唤D怪兽的指令，这样虽然加强了D怪兽，但也可以让机兵得以加强，拥有一战之力，他准备把所有人拖进机兵vs怪兽的战斗中，以求得最终的胜利。并由于他和药师寺惠的约定，开始试图修复鞍部十郎的记忆。
基本上故事的线索和暗线就是如此，故事如何进行的，就请自己玩游戏来确认了。
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